Depuis 1987, Gérald Côté enseigne l'histoire du jazz, du blues et du rock ainsi que l'initiation aux musiques du monde dans diverses universités du Québec. Il a publié plusieurs essais dont Les 101 blues du Québec et Processus de création et musique populaire, ainsi que de nombreux articles et a donné des conférences en Roumanie, au Brésil et en Afrique. De 1995 à 2005, il a dirigé le Centre de recherche ethnomusicologique Acte Sept (CREAS), un centre d'étude sur la pratique traditionnelle des musiques maliennes situé à Bamako. En 2010, il a assuré la conception d'une exposition internationale au Musée de la civilisation de Québec sur le thème de l'influence musicale de l'Afrique sur la musique des continents américains et des Antilles.