Martin Cloutier est titulaire d'une maîtrise en théologie. Il a écrit un mémoire ayant pour titre: «Est-il permis de gagner des hommes (à la vérité)? Lecture de Kierkegaard en regard de la communication d'existence». Il poursuit des études doctorales sur Georges Bataille à la Faculté de théologie et de sciences religieuses de l'Université Laval, où il travaille également comme auxiliaire de recherche.